Bevor die Handbücher in das System eingepflegt werden, ist es zunächst sinnvoll, die einzelnen Kapitel zu strukturieren. Dazu können "Gruppen", "Managementsystemhandbücher" und "Managementsystemhandbuchkapitel" angelegt werden. Die Gliederung erfolgt auch hier durch das Zuweisen von Elternelementen oder Kindelementen (in der Abbildung dargestellt durch die gestrichelten Linien).
Um dies zu verdeutlichen, sei das folgende Beispiel betrachtet: Unterhalb der Gruppe "Qualitätsmanagement" wird das Managementsystemhandbuch "Qualitätsmanagementhandbuch" angelegt. Dieses besteht aus mehreren Kapiteln und Abschnitten, die mit Hilfe von "Managementsystemhandbuchkapiteln" modelliert werden. Die Inhalte werden zu den Abschnitten entweder durch das Verknüpfen mit Word-Dateien hinzugefügt oder direkt in das Feld "Anmerkungen" geschrieben.